儘管三好长庆下达了拆毁六波罗、池殿、小松殿、八条、西八条等地一门卿相之官邸，以及数万间民房，但拆迁是要做大量准备工作，根本不是一声令下就能完成的。
    即便三好家已在山城一国之中聚集了包括一向一揆眾在內的八万余军势，但在具体实行上可谓是简单粗暴、仓促血腥。
    而且，三好军本队一万余眾更是抢占了大量的宅邸、长屋用於安置將士。
    由於三好家高层在事先没有指定任何计划，以至於三好军各部在进行实施时驱赶公卿、百姓、商人、僧人、旅人等过於粗暴，以至於引起了各个阶层的抗议和敌视。
    其中，亲三好家公卿之首的二条晴良就作为偽帝伏见宫邦辅的名代，直接上门质问三好长庆，迫使其终止了拆毁官邸、民房之举。
    终究三好长庆的传令还是晚了一步。
    三好军本队大都是由阿波、淡路、讃岐三国之兵组成，他们中的不少人都没见过什么世面，一进入京都这样的花花世界怎么会不心动？
    就算京都屡遭战火波及，其繁华程度还是远胜於阿波、淡路、讃岐三国的任何一地。
    故而，三好军本队的在执行三好长庆拆毁官邸、民房的命令后，还不忘顺手牵羊，大肆滥妨狼藉一番，甚至导致多处官邸、民房失火。
    古代可不像后世那样有大量的灭火之物，更没有高效的消防队。房屋建筑大都是木质的，非常容易点燃。
    再加上京都一带自从永禄元年（偽朝如意二年）七月起就没有下过一滴雨，使得整个京都非常的乾燥，只要来一点儿火星就会瞬间燃起。
    被烧毁者，或皇室、天子临幸之地也，凤闕空留其础，鸞舆但遗其跡。或后妃游宴之处也，椒房迎嵐咽悲，掖庭承露凝愁。妆镜翠帐之基、弋林钓渚之馆。槐棘之座、鵷鸞之棲。多年经营成空，片时化为灰烬。况乎僕从之蓬蓽哉？况乎杂役之陋屋耶？
    残焰之所及，在此在彼，延烧数十町。
    再加上，三好家在京都並无设置太多火消，还是与足利將军家、京兆细川家一同进行管理，其灭火效率极为低下，大火甚至蔓延至应天门，而后又延烧棲凤楼、翔鸞楼。
    应天门可是朝堂清凉殿的正门，而清凉殿更是大內禁里之中要地中的要地。
    在扶桑古代可是封建迷信概念极重，应天门在一夜之间被烧为灰烬，不论是偽帝伏见宫邦辅，还是普通百姓，自然会延伸出大量关於凶厄的联想。
    毕竟先帝后奈良天皇是在清凉殿中被三好·六角联军的逼迫下自刎而亡，加上上杉家纠集的官军兵锋直指京都。
    就算偽帝伏见宫邦辅、偽法皇伏见宫贞敦等伏见宫一脉皇族当惯了鸵鸟，真到了火烧眉毛的时候，也没办法继续对战事不闻不问了。现在眼瞅著丟天下就在眼前了。
    正所谓强吴忽亡，姑苏台露移荆棘；暴秦既衰，咸阳宫烟隱埤堄。仿佛今日，岂不可悲也夫。昔则固函谷二崤之嶮，竟为北狄所破；今则凭洪河涇渭之深，亦为东夷所取。谁能预知，突遭逐出礼仪之乡，而潸然身寄无智之境？昨日为云上之施雨神龙，今朝如肆中之失水枯鱼。祸福同道，盛衰反掌，即在眼前。其谁悲而怜之？弘治昔日虽春花盛开，如意今朝则秋叶尽落矣。
    隨著京都大半被烧毁，最先出现的连锁反应是出现了比较严重的饥荒，首当其衝的是普通百姓。很多穷人挣扎在死亡线上，死者填满沟堑。同时，宣告了偽朝灭亡的倒计时开始。
    现如今，京都的局势已是日薄西山、朝不虑夕，处於崩溃的边缘。
    早在上杉家的各路大军攻入近江境內，並攻灭浅井家、击败六角家后，偽朝上下以及足利將军家、京兆细川家、三好家等肯定预感到了迎面而来的杀气。
    面对未来，偽帝伏见宫邦辅、偽法皇伏见宫贞敦二人应该何去何从？是战，还是降？这是一个不易选择的难题。
    战斗的后果很可能是血染沙场。
    正所谓千古艰难惟一死。
    死亡，绝不是那些在上流社会养尊处优的达官贵人们的首选。而投降只会貽笑千古，甚至连弱女子也看不起这种奴顏婢膝、摇尾乞怜的行为，就好像五代十国时期后蜀国的花蕊夫人为嘲讽君主孟昶降宋所写的诗：君王城上竖降旗，妾在深宫那得知？十四万人齐解甲，寧无一个是男儿！
    现在“天子”不是人，他爹是老天，他把你家房拆了你都得庆幸，人家没让他爹打雷把你人劈了。
    不论古今中外，宗教具有將组织成本极大降低的效果，“皇权”其实自从诞生之初，就已经具有宗教属性了。
    老天爷这个爹也不是吃著你就向著你，你这儿子要是当的不好让天下百姓民不聊生，你爹就降灾警告你了，你要是一而再再而三的不知悔改，老天爷就不要你这儿子了（国家將有失道之败，而天乃先出灾害以谴告之，不知自省，又出怪异以警惧之，尚不知变，乃伤败乃至）。
    综上所述，既不能战，又不想投降的，唯一的选择只能是逃亡。
    永禄元年，偽朝如意二年，十月十五日。
    走投无路、內外交困、孤立无援的清水山城被北陆道上杉军攻落，自守將高岛高贤、高岛正氏（高岛高贤之子）以下一千余人被討取。
    隨后，柿崎景家、斋藤朝信等北陆道上杉军诸將还挟大胜之余威火速南下，在林员清、林右京亮、猪饲升贞、居初又次郎、马场孙次郎等琵琶湖水军眾、坚田眾诸將的引导下，一举攻落了一向宗在近江一国之中最后的一座寺院显证寺。
    显证寺住持显证寺政淳原本在显证寺陷落之前在十余名僧兵的护卫下，意图逃往一向宗总本山石山本愿寺，结果在途经比叡山延历寺的寺领之际，被延历寺僧兵察觉。
    因寡不敌眾，显证寺政淳麾下的僧兵很快就被尽数討取，一个不留。而显证寺政淳也被锦识寺胜慧押送至观音寺城，交由上杉清定来处置。
    至此，高岛郡全境以及志贺郡大部被北陆道上杉军压制。
    很快，上杉军攻落清水山城、显证寺的消息迅速传到了禁里御所。
    偽帝伏见宫邦辅、偽法皇伏见宫贞敦紧急在清凉殿上召见二条晴良、九条稙通、高仓永家、广桥国光、薄以绪、勘解由小路在富等公卿，也不拐弯抹角，直接表態要“巡幸阿州”，意思是打算逃到三好家的根本之地阿波国去躲避上杉军的兵锋。